Markdorf liegt am Fuß des 754 m ü. NN hohen Gehrenbergs, ca. 7km vom nördlichen Bodenseeufer entfernt.
Aufgrund der kurzen Distanz oft als "Balkon zum Bodensee" bezeichnet, sagen die Markdorfer auch „bei uns ist der See – mit Abstand – am schönsten“ :-)
Im 409,2 Hektar großen Stadtgebiet sind zwei Natur- und Landschaftsschutzgebiete (Hepbacher-Leimbacher Ried und Markdorfer Eisweiher), ein Schonwald (Gehrenberg) und ein Einzelgebilde-Naturdenkmal ausgewiesen (Stand: 30. Mai 2009).